北海道を除く日本各地に分布します。カジカは従来から海へ下る両側回遊魚の小卵型と、河川上流域で一生を過ごす大卵型に分けられていましたが、最近の研究では両者は別種であると言う結論が出ました。　
　産卵期は３−５月で、石の下に産み付けられた卵を雄がふ化するまで守ります。
　神奈川県下では過去には小卵型も生息していたらしいのですが、現在は絶滅したと考えられています。大卵型のカジカは、丹沢山塊をはじめとする渓流域を中心に生息しますが、砂防ダムによる河川分断や取水による水量の減少等のため、各地でその生存が脅かされています。