アユがふ化する時間は夕方暗くなってからが多く、相模川では17〜20時の間にほとんどふ化します。
　ふ化した仔魚は、すぐに川を下り（水に流され）ます。　流下仔アユの採捕を行っていると、相模川のように、河口からかなり上流（約20km）に産卵場があると、河口に達するまで時間がかかるため、深夜から夜明けにかけて大量の仔アユが採捕されることがあります。
　ふ化したアユは、全長5-8mmの透明で、卵黄をまだ付けており、ほとんど遊泳力はありません。
　この卵黄は4日ほどで吸収されます。
このため、ふ化後5日程度で海に入らないとふ化仔魚は生き残れないと考えられていましたが、長良川や信濃川の調査では、河川内で摂餌し成長しているアユの仔魚も見つかっています。